Уровень озера Севан по состоянию на 01.09.2011 г. составил 1900,34 м, что привело к возникновению серьезных проблем, связанных с необходимостью очистки лесистой местности прибрежных территорий, оказавшихся под водой. Об этом сказано в программе восстановления и сохранения экосистемы озера Севан, представленной правительству Армении Министерством охраны природы.

Большие массы органических веществ, оказавшихся под водой, загрязняют воду. Множество строений и инфраструктур, которые вдруг оказались подводными, тоже создают проблемы.

Следует резко улучшить ситуацию с неочищенными водами, впадающими в озеро, чтобы обеспечить высокое качество воды. Между тем, не все размещенные вблизи озера водоочистительные станции действуют.

Рыбный мир Севана выделялся своеобразием. Однако понижение уровня озера, чрезмерное пользование биозапасами и отсутствие регулярного мониторинга привело к тому, что биологическое разнообразие Севана изменилось, рыбный мир резко поредел, исчезли рыбы-эндемики, в частности ряд подвидов Севанской форели. В Красную книгу Армении 2010 г. внесены севанская форель, севанская храмуля и севанский усач. Вследствие сокращения популяции рыб в экосистеме интенсивно накапливаются органические вещества, процессы заболачивания ускоряются, что негативно сказывается на экосистеме Севана. На сегодняшний день основной задачей является увеличение популяции рыб-эндемиков естественным и искусственным путем до стабильного и жизнеспособного уровня.